En 1982, ce dernier ainsi que Serge Teyssot-Gay quittent le groupe afin de fonder le duo B.A.M., Frédéric Vidalenc, membre de Dernier Métro, rejoint alors le groupe en tant que bassiste, Luc Robene prenant, quant à lui, la place de guitariste. Bertrand Cantat quitte également le groupe (qui s'écrit alors Noirs Désirs) en 1983, mais revient six mois plus tard, après avoir été remplacé par Emmanuel Ory-Weil, qui deviendra le manager officiel du groupe. Sergio revient en 1985 et la formation restera stable pendant dix ans.
Aux débuts du groupe, Bertrand Cantat affiche clairement sa passion pour Jim Morrison, chanteur du groupe The Doors en arborant des pantalons de cuirs et des colliers indiens. Cette influence est encore plus évidente dans les prestations scéniques du chanteur qui s'inspirera souvent de son mentor dans ses frasques.
Le premier album du groupe parait en 1987, il s'agit d'un mini album produit par Théo Hakola, chanteur du groupe Passion Fodder. L'album est intitulé Où veux-tu qu'je r'garde ?. Le succès vient avec l'album suivant, Veuillez rendre l'âme (à qui elle appartient), et son tube Aux Sombres héros de l'amer véritable succès radiophonique que le groupe assume mal (le titre rentre même dans le Top 50), refusant d'être catalogué comme groupe pour « la ménagère de 50 ans ». Bertrand Cantat, quelques années plus tard, confiera son agacement quant au succès de cette chanson, qui ne fut pas comprise à sa juste valeur, beaucoup de personnes n'ayant pas compris le double sens de la chanson (« Ces gens n'avaient compris que le deuxième degré du texte des Sombres héros de l'amer, ils prenaient ça pour une chanson de marins, un truc à la Pogues, sans plus... »). Leurs deux albums d'après, Du ciment sous les plaines et Tostaky, cultivent une noirceur et une violence qui les rattachent plutôt à une mouvance underground (dues aux sonorités très épurées et profondément rock de l'album Tostaky). Le groupe bâtit l'essentiel de son succès sur scène, avec en particulier la tournée qui sera enregistrée sur Dies Irae et après laquelle Bertrand Cantat doit se faire opérer une première fois des cordes vocales suite aux nombreux hurlements qu'il éructe sur la majeure partie des chansons.De sérieuses dissensions artistiques apparaissent alors au sein du groupe amenant aux départs successifs de Frédéric Vidalenc (remplacé par Jean Paul Roy) et du manager Jean-Marc Gouaux (ex manager de Camera Silens groupe punk bordelais, en place depuis 2002).
En 1997, le groupe revient sur le devant de la scène avec 666.667 Club qui, sans renier son rock sans concession lui offre un deuxième grand succès médiatique avec en particulier les titres Un Jour en France ou L'Homme pressé. Le groupe assume mieux sa renommée qui lui permet de défendre en même temps des causes associatives, et ne l'éloigne pas pour autant de leur public. La tournée qui suit se conclut également pour le chanteur... par une nouvelle opération des cordes vocales. Cependant, la maturité aidant, Noir Désir s'ouvre à d'autres horizons, en publiant d'abord un album de remixes, One Trip/One Noise, puis son dernier album studio à ce jour, Des Visages, Des Figures. Cet opus comporte, comme ses prédécesseurs, de nombreux invités : Nicolas Sansano, Akosh Szelevényi, Manu Chao, Romain Humeau, Bob Coke, et Brigitte Fontaine (et durant la tournée suivante, le groupe sera rejoint à plein temps par Christophe Perruchi aux claviers). Délaissant la violence électrique des deux albums précédents pour des tonalités plus douces et plus mélodieuses, l'œuvre est saluée par l'ensemble de la critique, et le public suit massivement cette nouvelle orientation : le single Le vent nous portera se classe numéro trois en France.
Au-delà de l'évolution de son style musical, Noir Désir reste caractérisé par des textes travaillés, écrits par Bertrand Cantat, où se mêlent homophonies, de très nombreux calembours et pastiches pour former une prose poétique d'une richesse et d'une force très particulières.
Actualité du groupe
Le lundi 29 mars 2004, Bertrand Cantat est condamné par le tribunal de Vilnius à huit ans de prison ferme pour avoir provoqué la mort de sa compagne Marie Trintignant survenue après une violente dispute en Lituanie, le 1er août 2003. Bertrand et Marie étaient tous deux encore mariés à d'autres personnes mais n'étaient plus en liaison avec leurs conjoints respectifs.
Deux ans après le drame, le groupe finalise cependant un projet commencé en 2002 en publiant un double CD, Noir Désir en public, et un double DVD, Noir Désir en images, issus de sa dernière tournée. Les deux albums atteignent les premières places des classements de vente pendant plusieurs semaines, le DVD réalisé par Don Kent remporte quant à lui le DVD musical de l'année aux Victoires de la musique 2006.
Fin 2005, le groupe (sans Bertrand Cantat) travaille sur la BO du film Enfermés dehors (sorti le 5 avril 2006), d'Albert Dupontel. Les titres 7 minutes, Oublié et En route pour la joie, issus du répertoire du groupe, figurent également sur la bande-originale du film.
En octobre 2005, les membres du groupe confient dans un magazine musical la possibilité de ressortir un album dans les années à venir, à la sortie de prison de Bertrand Cantat. En laissant tout de même un bémol sur le fait de refaire de la scène. Contractuellement, ils doivent en effet encore réaliser un album avec leur maison de disque Barclay (Universal Music).
Les 25, 26 et 27 mai 2006, l'association « Les Sangliers sont lâchés » et ND Musique, ont organisé Les Rendez-vous de Terres Neuves, un festival de musique et de rencontres citoyennes. Le batteur Denis Barthe et le bassiste Frédéric Vidalenc ont rejoué pour la première fois, ensemble, sur scène, et depuis la séparation de Noir Désir, à l'occasion de ce festival.
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